Die BVD sind als Vollzugsbehörde u.a. für den Vollzug von Freiheitsstrafen sowie Ersatzfreiheitsstrafen zuständig. Das Gesetz sieht verschiedene Ausgestaltungen der Freiheitsstrafe vor.
Das Gericht kann mit einem Urteil eine unbedingte Freiheitsstrafe aussprechen. Der verurteilten Person wird dabei für die im Urteil bestimmte Zeitspanne – vorbehältlich einer allfälligen bedingten Entlassung - die Freiheit entzogen.
Spricht das Gericht eine teilbedingte Strafe aus, muss die verurteilte Person nur den unbedingten Teil verbüssen. Eine bedingte Entlassung ist bei teilbedingten Strafen nicht möglich.
Wenn eine Busse oder Geldstrafe innerhalb einer bestimmten Frist nicht bezahlt wird und auch nicht auf dem Betreibungsweg eingebracht werden kann, tritt an Stelle der ursprünglich ausgesprochenen finanziellen Strafe die Ersatzfreiheitsstrafe. Dabei entspricht ein Tagessatz der Geldstrafe einem Tag Freiheitsstrafe.
Bei gerichtlich ausgesprochenen Bussen wird im Urteil auch die Dauer der Ersatzfreiheitsstrafe festgesetzt, die verbüsst werden muss, sofern der Bussenbetrag nicht beglichen wird.
Die Ersatzfreiheitsstrafe entfällt, wenn die Geldstrafe nachträglich bezahlt wird. Ratenzahlungen sind nach dem Aufgebot zum Antritt der Ersatzfreiheitsstrafe nicht mehr möglich.
Kurze Freiheitsstrafen bis und mit 6 Monaten (ausnahmsweise bis 12 Monaten) werden wenn immer möglich in einer Sondervollzugsform (Electronic Monitoring, Gemeinnützige Arbeit, Halbgefangenschaft) verbüsst. Die Halbgefangenschaft wird in der Regel in einem Regionalgefängnis verbüsst.
Freiheitsstrafen ab sechs Monaten werden in einer geschlossenen oder offenen Justizvollzugsanstalt vollzogen. Wichtigstes Kriterium für die Wahl des geeigneten Vollzugsorts ist die Rückfall- oder Fluchtgefahr: Wenn die Gefahr besteht, dass die eingewiesene Person flieht oder wenn zu erwarten ist, dass sie weitere Straftaten begeht, wird sie in eine geschlossene Institution eingewiesen. Gemeingefährliche Täter/innen werden zu Vollzugsbeginn immer in geschlossene Institutionen eingewiesen.
Geschlossene Anstalten sind im Kanton Bern für Männer die Justizvollzugsanstalt Thorberg, für Frauen die Justizvollzugsanstalt Hindelbank. Der offene Strafvollzug wird in der Justizvollzugsanstalt Witzwil und für Frauen in Hindelbank vollzogen. Ein Strafvollzug kann in gewissen Fällen auch ausserkantonal durchgeführt werden.
Wenn die verurteilte Person zwei Drittel ihrer Strafe, mindestens jedoch drei Monate verbüsst hat, wird sie durch die Vollzugsbehörde entlassen, sofern sie sich im Strafvollzug bewährt hat und nicht anzunehmen ist, dass weitere Verbrechen oder Vergehen begangen werden. Die BVD prüfen von Amtes wegen, ob eine bedingte Entlassung erfolgen kann. Dazu holt sie einen Bericht der Direktion ein und hört auch die betroffene Person an.
Wenn die bedingte Entlassung verweigert wird, überprüfen die BVD jährlich neu, ob die verurteilte Person bedingt entlassen werden kann.
Personen, die zu einer lebenslangen Freiheitsstrafe verurteilt worden sind, kann die bedingte Entlassung frühestens nach 15 Jahren gewährt werden, falls die Voraussetzungen erfüllt sind. Bei Ablehnung der bedingten Entlassung kann eine lebenslange Freiheitsstrafe bis zum Lebensende dauern.
Einer bedingt entlassenen Person wird eine Probezeit auferlegt, deren Dauer dem Strafrest entspricht, jedoch mindestens ein Jahr und maximal fünf Jahre.
Für die Dauer der Probezeit wird in der Regel Bewährungshilfe angeordnet. Der Person können Verhaltensvorschriften in Form von Weisungen auferlegt werden. Weisungen können z.B. die Berufsausübung, den Aufenthalt, das Führen eines Motorfahrzeuges oder psychiatrische/psychologische Behandlung betreffen. Sie werden von den BVD kontrolliert.
Hält sich eine Person nicht an die Weisungen, erstatten die BVD dem Gericht einen Bericht. Dieses kann die Rückversetzung in den stationären Straf- oder Massnahmenvollzug anordnen. Wenn die verurteilte Person sich bis zum Ablauf der Probezeit bewährt hat, wird die aufgeschobene Strafe nicht mehr vollzogen und die Person gilt als definitiv entlassen.