En tant qu'autorité d'exécution, la Section de la probation et de l'exécution des sanctions pénales (SPESP) a compétence pour mettre à exécution les peines privatives de liberté et les peines privatives de liberté de substitution. La loi prévoit plusieurs cas de figure.
Le juge peut prononcer une peine privative de liberté ferme. La personne condamnée est privée de sa liberté pour toute la durée définie, à moins d'une libération conditionnelle.
Si le juge assortit la peine d'un sursis partiel, la personne condamnée ne doit exécuter que la partie ferme. Une libération conditionnelle n'est pas possible dans ce cas.
Si une amende ou une peine pécuniaire n'est pas acquittée dans le délai imparti et qu'elle ne peut être recouvrée par la voie des poursuites, elle est remplacée par une peine privative de liberté de substitution. Un jour-amende (peine pécuniaire) correspond alors à un jour de privation de liberté. Quant aux amendes, le jugement précise à quelle durée elles correspondent en cas de défaut de paiement.
La peine privative de liberté de substitution devient caduque si le montant dû est versé après coup. Après réception de la convocation à l'exécution de la peine, un paiement échelonné n'est plus possible.
Dans la mesure du possible, les peines privatives de liberté de courte durée (jusqu'à six mois, voire douze exceptionnellement) sont exécutées sous une forme particulière (surveillance électronique, travail d'intérêt général, semi-détention). La semi-détention se déroule généralement dans une prison régionale.
Au-delà de six mois, les peines sont exécutées dans un établissement pénitentiaire ouvert ou fermé. Le choix de l'établissement repose avant tout sur le risque de récidive et de fuite: si ce risque est donné, la personne détenue est placée dans un établissement fermé. De même, les délinquants dangereux pour la collectivité sont toujours placés en milieu fermé au début de leur peine.
Les établissements pénitentiaires fermés du canton de Berne sont Thorberg pour les hommes et Hindelbank pour les femmes. Pour les peines exécutées en milieu ouvert, les hommes sont placés à Witzwil et les femmes à Hindelbank. Dans certains cas, il est possible de recourir à un établissement en dehors du canton.
Lorsque la personne détenue a exécuté les deux tiers de sa peine, mais au moins trois mois, la SPESP la libère sous conditions, pour autant qu'elle se soit bien comportée pendant la détention et qu'elle ne présente pas de risque de récidive. La SPESP examine d'office la possibilité de libération conditionnelle, en demandant un rapport à la direction de l'établissement et en entendant la personne détenue.
En cas de refus de la libération conditionnelle, la SPESP réexamine le cas chaque année. Pour les personnes condamnées à une peine privative de liberté à vie, la libération conditionnelle est possible au plus tôt après 15 ans, si les autres conditions sont réunies. Dans le cas contraire, la peine privative de liberté peut effectivement se prolonger jusqu'à la fin de la vie de la personne détenue.
La personne libérée sous conditions est soumise à un délai d'épreuve correspondant au solde de la peine, mais d'un an au moins et de cinq ans au plus.
Une assistance de probation est généralement ordonnée pendant la durée du délai d'épreuve. Dans ce cadre, la personne peut recevoir des instructions sur les comportements à adopter: ce sont les règles de conduite. Celles-ci portent par exemple sur l'exercice d'une profession, le lieu de séjour, la conduite de véhicules à moteur ou encore le suivi d'un traitement psychologique ou psychiatrique.
La SPESP contrôle le respect des règles de conduite. Si elle constate des manquements, elle établit un rapport à l'intention du juge, lequel peut alors ordonner le retour en détention.
Si la personne condamnée se comporte correctement pendant le délai d'épreuve, elle est libérée définitivement et ne doit plus exécuter le solde de la peine.