Les mesures peuvent être exécutées dans un établissement ouvert ou fermé; elles peuvent l'être dans un établissement d'exécution des mesures ou dans un établissement psychiatrique approprié. Le lieu d'exécution de la mesure dépend du type de la mesure ordonnée par le juge ainsi que du risque d'évasion et de récidive que présente la personne concernée.

Dans le canton de Berne, les mesures sont exécutées aux Etablissements de Thorberg ou de St-Jean (hommes), ou aux Etablissements de Hindelbank (femmes).

Le canton de Berne ne dispose d'aucune établissement d'exécution de mesures pour jeunes adultes. Ces mesures sont donc exécutées le plus souvent à l'extérieur du canton: à Pramont (VS) pour les jeunes hommes francophones, et à Arxhof (BL), Uitikon (ZH) ou Kalchrain (TG) pour les jeunes hommes germanophones. Pour les jeunes femmes, les mesures peuvent être exécutées à Hindelbank, dans une section séparée des adultes.