Les prisons régionales du canton de Berne se concentrent sur l'exécution de la détention avant jugement pour adultes et adolescents (détention provisoire, détention pour motifs de sûreté, détention en vue de l'extradition). Elles se chargent également de la détention administrative (détention en phase préparatoire, détention en vue du renvoi ou de l'expulsion, détention pour insoumission). Dans certains cas, elles assument le placement à des fins d'assistance (PAFA). Par ailleurs, on leur confie également l'exécution de courtes peines privatives de liberté (en général jusqu'à 30 jours).

Le Secteur des transports se charge des transferts de personnes détenues. En cas de nécessité, celles-ci sont placées dans la Division cellulaire de l'Hôpital de l'Île, où elles sont traitées par le personnel de l'hôpital.